Depuis sa création, le CICRP s'associe à l'Education nationale et à son action artistique et culturelle (Histoire des arts) en accompagnant le programme pédagogique Ecoles-collèges-lycées "Espaces de villes/Images de villes-Villes et musées". Il est conduit par Noël Casanova, professeur détaché par l'Education Nationale. Ce programme, auquel participent chaque année de nombreux établissements scolaires de l'Académie d'Aix-Marseille et quelques uns des Académies voisines (Nice et Montpellier), développe la sensibilisation des élèves au patrimoine, à sa "lecture" dans la ville, à sa compréhension, qui traverse toutes les formes de la culture, comme à sa conservation. Il intègre une initiation à diverses pratiques et métiers artistiques (photographie, maquette, vitrail, mosaïque, céramique, écriture et imprimerie, son) en même temps qu'aux métiers de la conservation du patrimoine dans les musées, archives, bibliothèques et au CICRP. C'est une invitation aux voyages, imaginaires et réels.
En 2009-2010 cette action se déroulera selon trois thèmes.
Dans le cadre de Marseille Provence 2013 capitale européenne de la culture et sous la forme d'ateliers, le "partage de l'eau" se déclinera à travers sa maîtrise par les hommes et dans sa dimension patrimoniale, de l'Antiquité au 20e siècle sur les deux rives de la Méditerranée, plus particulièrement en Provence (Marseille et sa région) et en Basse-Egypte (Alexandrie, Le Caire et leur région). Seront étudiées :
Ce thème explorera selon la même démarche, de l'Antiquité au 21e siècle et à partir de Marseille plusieurs grands ports méditerranéens au patrimoine et à l'histoire remarquables : Toulon, Fréjus, Bastia, Gênes, Venise, Naples, Istanbul, Alexandrie, Tunis, Alger, Tanger, Barcelone... Déplacements prévus à Paris (musées du Louvre et de la Marine), Toulon (Musée de la Marine), Bastia (ouverture du nouveau musée de Bastia dont les peintures sont restaurées au CICRP), Gênes...
Le port antique d'Arles fera l'objet d'un travail avec le Musée départemental Arles antique, en liaison avec son exposition "20 ans de fouilles dans le fleuve à Arles".
L'action pédagogique initiée en 2007-2008 avec le FRAC Provence-Alpes-Côte d'Azur se poursuivra en 2009-2010 avec les établissements scolaires les plus proches du site de sa nouvelle implantation (maternelle, primaire, collège) : connaissance des oeuvres du FRAC, sensibilisation à l'histoire du quartier de La Joliette, découverte du projet, suivi de l'avancée des travaux.